O golpe de Estado de 31 de março de 1964, que teve como justificativa proteger a democracia, resultou em 20 anos de ditadura (1964 – 1984). E nesse período conturbado, a SBPC cumpriu um papel fundamental de resistência durante os anos de governo militar, sobretudo manifestando-se contra perseguições a professores, pesquisadores e estudantes, e a interferências nos sistemas educacional e científico, que pudessem ferir a autonomia das universidades.